De nombreuses nouveautés débarquent dans Super Mario Maker avec la mise à jour gratuite du 9 mars 2016.

De nouveaux objets bien connus des fans de Mario :

 La clé et portes à serrure de Super Mario World : accessibles en secouant les objets « Interrupteur P » et « Porte ». Les joueurs peuvent combiner ces différents éléments pour créer des niveaux encore plus complexes. En plaçant la clé sur un ennemi, il sera alors nécessaire de le battre pour la récupérer et atteindre la fin du niveau, permettant ainsi de créer des mondes avec des combats de boss.

 Pièce rose : En secouant une pièce, les joueurs peuvent placer des pièces roses tout au long du niveau. Toutes les collecter fera apparaître une clé, permettant ainsi de créer des niveaux basés sur la réflexion en les combinant avec les Clés et Portes à serrures.

 La Colonne à épines de Super Mario World : En secouant un « Thwomp », celui-ci se transformera en énorme Colonne à épines, percutant violemment le sol à intervalle régulier.

En plus des nouveaux objets, de nouveaux modes et fonctionnalités sont également disponibles :

 Difficulté Super Expert : En terminant le Défi des 100 Mario avec ce nouveau mode, le joueur recevra 5 nouveaux costumes champignon mystère. Il est également possible de gagner 3 costumes supplémentaires en le terminant en « Normal » et 4 en « Expert ».

 Le site web Super Mario Bookmark, permettant de chercher des niveaux sur Internet, affiche dorénavant les records du monde de Super Mario Maker.
 De nouveaux costumes supplémentaires : Les costumes du professeur K. Tastroff de la série Luigi’s Mansion, ainsi que de Daisy ont été ajoutés en terminant le monde associé.

Super Mario Maker propose le chiffre hallucinant de 6,2 millions de stages jouables créés par les utilisateurs. À la date du 27 janvier, ces stages ont en tout été joués plus de 400 millions de fois.